噴碼機在使用過程中，噴射出的墨點除了一部分會呈現在標識載體上，一部分會由回收系統回收循環以外，還有很多散點會濺到噴頭上。

另外在每次開、關機的時候，噴頭噴出的滴墨或者一滴墨都有可能因為墨水循環系統未處于正常狀態，而不能準確到達標識載體或者回收系統，如此長時間積累就會造成噴嘴堵塞。

通常，噴碼機的使用者都會遇到以下幾個造成噴嘴堵塞的原因：一是耗材的問題。如果大家都能使用耗材，此問題將會完善；二是雜質的問題。噴碼機在工作過程中會吸入大量的灰塵，包括空氣中的一些雜質，其進入墨水循環系統中，就可能與墨水發生化學或物理變化，從而產生一些顆粒狀物質，導致墨水出現沉淀，致使管道和噴嘴堵塞。